Estudio y análisis funcional: Identificación de ARNc Y ARNlnc en tejidos meristemáticos dentro del transcriptoma de clones de Solanum tuberosum del grupo Phureja colombiana

Vista sencilla de ítem
dc.contributor.advisorBecerra Galindo, Luis Francisco
dc.contributor.authorMedina Amaya, Andrés Felipe
dc.date.accessioned2025-10-14T20:06:50Z
dc.date.available2025-10-14T20:06:50Z
dc.date.created2025-08-29
dc.descriptionSolanum tuberosum Grupo Phureja, comúnmente conocido como papa criolla, es un cultivo clave en Colombia por sus características. En este estudio se evaluaron mutantes sólidos generados mediante mutagénesis con Cobalto-60: los individuos MV6-17, MV6-39 y MV6-43, junto con su progenitor “Flor Blanca” y el control “Cultivar Criolla Colombia”. La secuenciación ARN-Seq permitió caracterizar el panorama transcriptómico de cada individuo, identificando ARN codificantes y ARN largos no codificantes (ARNlnc). El análisis mostró interacciones relevantes entre ARNc y ARNlnc vinculadas a funciones moleculares y celulares, como transcritos asociados a fitohormonas para la regulación de la dormancia. El análisis bioinformático incluyó: control de calidad con FastQC v0.12.1 (Andrews, 2010), filtrado de lecturas con Trimmomatic v0.39 (Bolger et al., 2014)., alineamiento al genoma de referencia DM 1-3 516 R44 v.6, obtenido de SpudDB, mediante TopHat2 v2.1.1 (Trapnell et al., 2009)., ensamblaje de transcritos con el paquete de herramientas de Cufflinks v2.1.1 (Trapnell et al., 2012), identificación de ARNlnc con AWK v5.2.1 (Aho et al., 1988) y CPC v2.0 (Kang et al., 2017) construcción de redes de coexpresión con PyWGCNA v2.0.0 (Rezai et al., 2023) y análisis de enriquecimiento funcional con G:Profiler. La investigación se centró en identificar relaciones de coexpresión en clones mutantes de papa criolla dentro del grupo BIOMOLc de la Universidad Distrital, y sus resultados fueron divulgados en diversos congresos nacionales e internacionales, fortaleciendo la divulgación bioinformática.
dc.description.abstractSolanum tuberosum Group Phureja, commonly known as papa criolla, is a key crop in Colombia due to its distinctive traits. In this study, solid mutants generated by Cobalt-60 mutagenesis, specifically MV6-17, MV6-39, and MV6-43, were evaluated alongside their progenitor (“Flor Blanca”) and the control (“Cultivar Criolla Colombia”). RNA-Seq characterization enabled the transcriptomic profiling of each individual, identifying both coding RNAs and long non-coding RNAs (lncRNAs). The analysis revealed significant interactions between coding RNAs and lncRNAs associated with molecular and cellular functions, including transcripts related to phytohormone-mediated regulation of dormancy. The bioinformatic workflow included quality control using FastQC v0.12.1 (Andrews, 2010), read trimming with Trimmomatic v0.39 (Bolger et al., 2014), alignment to the DM 1-3 516 R44 v.6 reference genome (from SpudDB) via TopHat2 v2.1.1 (Trapnell et al., 2009), transcript assembly with Cufflinks v2.1.1 (Trapnell et al., 2012), lncRNA identification using AWK v5.2.1 (Aho et al., 1988) and CPC v2.0 (Kang et al., 2017), co-expression network construction using PyWGCNA v2.0.0 (Rezai et al., 2023), and functional enrichment analysis with G:Profiler. This research, conducted within the BIOMOLc group at Universidad Distrital, focused on identifying co-expression relationships in papa criolla mutant clones. Findings were disseminated at national and international conferences, contributing to the advancement of bioinformatic applications in this crop.
dc.description.sponsorshipN/A
dc.format.mimetypepdf
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11349/99453
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Distrital Francisco José de Caldas
dc.relation.referencesAho, A. V., Kernighan, B. W., & Weinberger, P. J. (1988). The AWK Programming Language. Addison‑Wesley. 2da Edicion. Obtenido de https://dn790008.ca.archive.org/0/items/pdfy-MgN0H1joIoDVoIC7/The_AWK_Programming_Language.pdf
dc.relation.referencesAlcántara Cortés, J. S., Acero Godoy, J., Alcántara Cortés, J. D., & Sánchez Mora, R. M. (2019). Principales reguladores hormonales y sus interacciones en el crecimiento vegetal. Nova: Revista de Ciencias Biomédicas, 17(32), 109–129. https://doi.org/10.25058/24629448.3639
dc.relation.referencesAldweik, R. A. (2024). Global transcriptomic analysis of Candida albicans (master’s thesis, College of Biomedical Engineering and Biotechnology. Khalifa University. United Arab Emirates). Obtenido de https://khazna.ku.ac.ae/en/studentTheses/global-transcriptomic-analysis-of-candida-albicans
dc.relation.referencesAndre, C. M., Ghislain, M., Bertin, P., Oufir, M., Del Rosario Herrera, M., Hoffmann, L., Hausman, J., Larondelle, Y., & Evers, D. (2006). Andean potato cultivars (Solanum tuberosumL.) as a source of antioxidant and mineral micronutrients. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 55(2), 366–378. https://doi.org/10.1021/jf062740i
dc.relation.referencesAndrews, S. (2010). FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. Babraham Bioinformatics. Obtenido de https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
dc.relation.referencesAndrews, S. (2023). FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. Babraham Bioinformatics. [Actualización]. Obtenido de https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
dc.relation.referencesAnta, R. (2020). Biotecnología: ¿llegamos a tiempo a esta revolución? Banco Interamericano de Desarrollo (BID). Obtenido de https://blogs.iadb.org​:contentReference[oaicite:1]{index=1
dc.relation.referencesArévalo, Y. A. & Gil, D. A. (2023). Diseño metodológico de mutaciones dirigidas mediante el sistema crispr/cas9 para aumentar el período de dormancia en la papa criolla Solanum tuberosum grupo Phureja (variedad criolla Colombia) irradiada con 60CO. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/38469
dc.relation.referencesArmenta-Medina, D., Díaz de León Castañeda, C., Armenta-Medina, A., & Perez-Rueda, E. (2022). A bibliometric analysis of Mexican bioinformatics: A portrait of actors, structure, and dynamics. Biology, 11(1), 131. https://doi.org/10.3390/biology11010131
dc.relation.referencesBabraham Bioinformatics – Public Projects download. (2023). Obtenido de https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
dc.relation.referencesBalaguera-López, H. E., Salamanca-Gutiérrez, F. A., García, J. C., & HerreraÁrevalo, A. (2014). Etileno y retardantes de la maduración en la poscosecha de productos Resumen y abstract 65 agrícolas. Una revisión. Revista Colombiana de Ciencias Hortícolas, 8(2), Article 2. https://doi.org/10.17584/rcch.2014v8i2.3222
dc.relation.referencesBarrera, E. J. A., De Los Angeles Bohórquez Quintero, M., Díaz, J. E. P., Mora, L. Y. C., Ruiz, J. S. U., Garzón, S. L. C., & Maldonado, J. C. P. (2018). Propagación y Tuberización In Vitro de dos variedades de Papa. CIENCIA EN DESARROLLO, 9(1), 21–31. https://doi.org/10.19053/01217488.v9.n1.2018.7132
dc.relation.referencesBaskin, J. M., & Baskin, C. C. (2004). A classification system for seed dormancy. Seed Science Research, 14(1), 1–16. https://doi.org/10.1079/SSR2003150
dc.relation.referencesBenítez-Páez, A., & Cárdenas-Brito, S. (2010). Bioinformática en Colombia: presente y futuro de la investigación biocomputacional. Biomédica, 30(2), 170. https://doi.org/10.7705/biomedica.v30i2.180
dc.relation.referencesBewley, D. J., Bradford, K., Hilhorst, H., & Nonogaki, H. (2013). Seeds: Physiology Of Development, Germination and Dormancy. 3rd Edition (3rd 2013 Ed.). Springer. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4614-4693-4
dc.relation.referencesBjornson, M., Kajala, K., Zipfel, C., & Ding, P. (2020). Low-cost and High-throughput RNA-seq Library Preparation for Illumina Sequencing from Plant Tissue. Bio-protocol, 10(20), e3799. https://doi.org/10.21769/BioProtoc.3799
dc.relation.referencesBolger, A. M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics, 30(15), 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
dc.relation.referencesBolívar Barbosa, E. S., & Becerra Galindo, L. F. (2017). Panorama de los transcriptomas de cannabis sativa por medio de métodos bioinformáticos. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/6589.
dc.relation.referencesBonierbale, M., Amoros, W., Espinoza, J., Mihovilovich, E., Roca, W., & Gómez, R. (2004). Recursos genéticos de la papa: Don del pasado, legado para el futuro. Revista Latinoamericana de La Papa. Obtenido de https://www.researchgate.net/publication/267970706_Recursos_Geneticos_de_la_papa_don_del_pasado_legado_para_el_futuro
dc.relation.referencesBudak, H., Kaya, S. B., & Cagirici, H. B. (2020). Long non-coding RNA in plants in the era of reference sequences. Frontiers in Plant Science, 11. https://doi.org/10.3389/fpls.2020.00276
dc.relation.referencesCastelblanco, M. F., & Diaz, D. C. (2022). ANÁLISIS DE LA EXPRESIÓN Y EVALUACIÓN DE LOS GENES ACO2 Y EIN2 EN PAPA CRIOLLA Solanum tuberosum GRUPO Phureja, (VARIEDAD CRIOLLA COLOMBIA) IRRADIADA CON 60Co. Obtenido de https://repository.udistrital.edu.co/home
dc.relation.referencesChang, J. (2021). WGCNA Gene Correlation Network Analysis. Bioinformatics Workbook. https://bioinformaticsworkbook.org/tutorials/wgcna.html#gsc.tab=0
dc.relation.referencesChekanova, J. A. (2015). Long non‑coding RNAs and their functions in plants. Current Opinion in Plant Biology, 27, 207–216. https://doi.org/10.1016/j.pbi.2015.08.003
dc.relation.referencesCock, P. J. A., Fields, C. J., Goto, N., Heuer, M. L., & Rice, P. M. (2009). The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Research, 38(6), 1767–1771. https://doi.org/10.1093/nar/gkp1137
dc.relation.referencesConesa, A., Madrigal, P., Tarazona, S., Gomez-Cabrero, D., Cervera, A., McPherson, A., Szczesniak, M. W., Gaffney, D. J., Elo, L. L., Zhang, X., & Mortazavi, A. (2016). A survey of best practices for RNA-seq data analysis. Genome Biology, 17, 13. https://doi.org/10.1186/s13059-016-0881-8
dc.relation.referencesCruz, D. A. (2024). Analisis de genotipificación por secuencia (gbs) en una población de Solanum tuberosum grupo phureja (variedad criolla colombiana). Obtenido de: http://hdl.handle.net/11349/41168
dc.relation.referencesCubillos, A. E. R., Perlaza-Jiménez, L., & Giraldo, A. J. B. (2014). RNA-Seq data analysis in ProKaryotes: A review for non-experts. Acta Biológica Colombiana, 19(2), 131. https://doi.org/10.15446/abc.v19n2.41010
dc.relation.referencesDillies, M., Rau, A., Aubert, J., Hennequet-Antier, C., Jeanmougin, M., Servant, N., Keime, C., Marot, G., Castel, D., Estelle, J., Guernec, G., Jagla, B., Jouneau, L., Laloe, D., Gall, C. L., Schaeffer, B., Crom, S. L., Guedj, M., & Jaffrezic, F. (2012). A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis. Briefings in Bioinformatics, 14(6), 671–683. https://doi.org/10.1093/bib/bbs046
dc.relation.referencesEsau, K. (1988). Anatomía de las plantas con semilla (1.ª ed.). Hemisferio Sur. Obtenido de https://cclc.caicyt.gov.ar/cgi-bin/koha/opac-detail.pl?biblionumber=320326
dc.relation.referencesEspinoza Kou, M. L. (2015). Análisis transcriptómico de la respuesta a heladas en cultivares de papa nativos y mejorados (Tesis de maestría). Universidad Peruana Cayetano Heredia. https://repositorio.upch.edu.pe/bitstream/handle/20.500.12866/1037/Analisis_EspinozaKou_Mey-Ling.pdf?sequence=3
dc.relation.referencesFedepapa. (2023). Importancia de la papa criolla en la agricultura colombiana. Federación Colombiana de Productores de Papa (Fedepapa). Obtenido de https://fedepapa.com.co
dc.relation.referencesFernández, G., & Johnston, M. (2006). Crecimiento y temperatura. En F.A. Squeo & L. Cardemil (Eds.), Fisiología Vegetal. Ediciones Universidad de La Serena. Obtenido de http://www.biouls.cl/librofv/web/pdf_word/Capitulo%2020.pdf
dc.relation.referencesFinch‐Savage, W. E., & Leubner‐Metzger, G. (2006). Seed dormancy and the control of germination. New Phytologist, 171(3), 501–523. https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2006.01787.x
dc.relation.referencesFlórez Roncancio, V. J., & Aleixo Pereira, M. de F. (2009). El ácido abscísico acelera el desarrollo floral de solidago en días cortos. Obtenido de http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0304-28472009000100011
dc.relation.referencesFood and Agriculture Organization of the United Nations. (2023). FAOSTAT statistical database: Quality indicators [Data set]. Obtenido de https://www.fao.org/faostat/es/#data/QI
dc.relation.referencesFu, Y., Wu, P., Beane, T., Zamore, P. D., & Weng, Z. (2018). Elimination of PCR duplicates in RNA-seq and small RNA-seq using unique molecular identifiers. BMC Genomics, 19(1). https://doi.org/10.1186/s12864-018-4933-1
dc.relation.referencesGaray, N. A. & Espinosa, L. G. (2019). Evaluación de la expresión del gen ABI4 y proteína DELLA (GAI) en mutantes candidatos de Papa Criolla (Solanum tuberosum Grupo Phureja) obtenido con irradiación de cobalto 60. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/22267
dc.relation.referencesGarber, M., Grabherr, M. G., Guttman, M., & Trapnell, C. (2011). Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq. Nature methods, 8(6), 469–477. https://doi.org/10.1038/nmeth.1613
dc.relation.referencesGarnica Holguín, A. M., Uribe Gaviria, A. F., Agudelo Chocontá, B. E., Abaunza González, C. A., Herrera Heredia, C. A., Arango Almanza, C. A., Álvarez Ochoa, C. P., García González, D. G., Sánchez Vivas, D. F., Espitia Malagón, E. M., Rodríguez Cortina, J., Suárez Cano, J. A., Zapata Pareja, J. L., Poveda Pisco, J. C., Mateus Rodríguez, J. F., Gabriel Ortega, J., Cusgüen Londoño, I., Prieto Contreras, L., Echeverry Prieto, L. C., Molina Cita, Y. (2022). Papa nativa diploide: En busca de fortalecer el sistema productivo de Colombia. Editorial Grupo Compás. https://repository.agrosavia.co/handle/20.500.12324/37999
dc.relation.referencesGaviria-Méndez, M. J., Morillo, A. C., & Rodríguez, L. (2018). Evaluación de la diversidad genética de variedades nativas de papa (Solanum tuberosum Andigena) utilizando microsatélites. Revista Colombiana de Biotecnología, 20(2), 45-58. https://doi.org/10.15446/rev.colomb.biote.v20n2.71285
dc.relation.referencesGeng, R., & Huang, X. (2021). Identification of major depressive disorder disease-related genes and functional pathways ivisión system ivisió changes of network connectivity. BMC medical genomics, 14(1), 55. https://doi.org/10.1186/s12920-021-00908-z
dc.relation.referencesGerstung, M., Pellagatti, A., Malcovati, L., Giagounidis, A., Della Porta, M. G., Jädersten, M., Dolatshad, H., Verma, A., Cross, N. C. P., Vyas, P., Killick, S., Hellström-Lindberg, E., Cazzola, M., Papaemmanuil, E., Campbell, P. J., & Boultwood, J. (2015). Combining gene mutation with gene expression data improves outcome prediction in myelodysplastic syndromes. Nature Communications, 6(1). https://doi.org/10.1038/ncomms6901
dc.relation.referencesGhosh, S., & Chan, C. K. (2015). Analysis of RNA-Seq data using TopHat and CuffLinks. Methods in Molecular Biology, 339–361. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3167-5_18
dc.relation.referencesGonzález Prieto, C. A. (2018). Construcción de redes de regulación génica usando datos de secuenciación de ARN [Tesis de maestría, Universidad Nacional de Colombia]. Repositorio Institucional. Obtenido de https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/68651
dc.relation.referencesGuzmán, J. D. (2016). Caracterización fenotípica de un cultivo de papa criolla (Solanum tuberosum grupo phureja, variedad criolla Colombia) irradiada con cobalto 60 ubicado en el municipio El Rosal, Finca El Pino Km 16 vía Subachoque, Cundinamarca. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/23147
dc.relation.referencesHernández, D. S. & Sánchez, K. J. (2023). Análisis de la expresión y evaluación del GEN ETR2 y PDC1 en papa criolla Solanum tuberosum (GRUPO Phureja) irradiada con 60Co. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/38086
dc.relation.referencesHorvath, S. (2011). Weighted network analysis: Applications in genomics and systems biology (1.ª ed.). Springer. https://doi.org/10.1007/978-1-4419-8819-5
dc.relation.referencesHou, X., Du, Y., Liu, X., Zhang, H., Liu, Y., Yan, N., & Zhang, Z. (2017). Genome-Wide analysis of Long Non-Coding RNAs in potato and their potential role in tuber sprouting process. International Journal of Molecular Sciences, 19(1), 101. https://doi.org/10.3390/ijms19010101
dc.relation.referencesHu, H., Scheben, A., & Edwards, D. (2018). Advances in integrating genomics and bioinformatics in the plant breeding pipeline. Agriculture, 8(6), 75. https://doi.org/10.3390/agriculture8060075
dc.relation.referencesHuamán, Z., & Spooner, D. M. (2002). Reclassification of landrace populations of cultivated potatoes (Solanum sect. Petota). American journal of botany, 89(6), 947–965. https://doi.org/10.3732/ajb.89.6.947
dc.relation.referencesInostroza F., J., Méndez L., P., & Sotomayor T., L. (2009). Botánica y morfología de la papa. INIA Carillanca. Instituto de Investigaciones Agropecuarias (INIA). https://www.docsity.com/es/docs/botanica-y-morfologia-de-la-papa/2663966/
dc.relation.referencesJoshi, M., Fogelman, E., Belausov, E., & Ginzberg, I. (2016). Potato root system development and factors that determine its architecture. Journal of Plant Physiology, 205, 113–123. https://doi.org/10.1016/j.jplph.2016.08.014
dc.relation.referencesKang, Y. J., Yang, D. C., Kong, L., Hou, M., Meng, Y. Q., Wei, L., & Gao, G. (2017). CPC2: a fast and accurate coding potential calculator based on sequence intrinsic features. Nucleic acids research, 45(W1), W12–W16. https://doi.org/10.1093/nar/gkx428
dc.relation.referencesKim, D., Pertea, G., Trapnell, C., Pimentel, H., Kelley, R., & Salzberg, S. L. (2013). TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions, and gene fusions. Genome Biology, 14(4), R36. https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36
dc.relation.referencesKloosterman, B., De Koeyer, D., Griffiths, R., Flinn, B., Steuernagel, B., Scholz, U., Sonnewald, S., Sonnewald, U., Bryan, G. J., Prat, S., Bánfalvi, Z., Hammond, J. P., Geigenberger, P., Nielsen, K. L., Visser, R. G. F., & Bachem, C. W. B. (2008). Genes driving potato tuber initiation and growth: Identification based on transcriptional changes using the POCI array. Functional & Integrative Genomics, 8(4), 329–340. https://doi.org/10.1007/s10142-008-0083-x
dc.relation.referencesKolberg, L., Raudvere, U., Kuzmin, I., Adler, P., Vilo, J., & Peterson, H. (2023). G: Profiler—interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update). Nucleic Acids Research, 51(W1), W207–W212. https://doi.org/10.1093/nar/gkad347
dc.relation.referencesKunzmann, P., Müller, T. D., Greil, M., Krumbach, J. H., Anter, J. M., Bauer, D., islam, F., & Hamacher, K. (2023). Biotite: New tools for a versatile Python bioinformatics library. BMC Bioinformatics, 24, Article 236. https://doi.org/10.1186/s12859-023-05345-6
dc.relation.referencesLang, G. A., Early, J. D., Martin, G. C., & Darnell, R. L. (1987). Endo-, para- and eco-dormancy: Physiological terminology and classification for dormancy research. HortScience, 22(3), 371–377. https://doi.org/10.21273/HORTSCI.22.5.701b
dc.relation.referencesLangfelder, P. & Horvath, S. (2012). Funciones rápidas de R para correlaciones robustas y agrupamiento jerárquico. Journal of Statistical Software, 46 (11), 1–17. https://doi.org/10.18637/jss.v046.i11
dc.relation.referencesLangfelder, P., & Horvath, S. (2008). WGCNA: an-R package for weighted correlation network analysis. BMC Bioinformatics, 9(1). https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-559
dc.relation.referencesLangfelder, P., Mischel, P. S., & Horvath, S. (2013). When Is Hub Gene Selection Better than Standard Meta-Analysis? PloS ONE, 8(4), e61505. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061505
dc.relation.referencesLi, W-H & Graur, D (1991) Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer Associates. Sunderland Mass. 284 pp. Obtention de https://www.scirp.org/reference/referencespapers?referenceid=2033910
dc.relation.referencesLi, X., Zuo, S., Li, A., Wang, H., Liu, F., & Zhu, B. (2016). Genome-wide survey of Aux/IAA gene family members in potato (Solanum tuberosum): Identification, division analysis, and evaluation of their roles in tuber development. Biochemical and Biophysical Research Communications, 471(2), 320–326. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2016.02.013
dc.relation.referencesLiu, B., Zhang, N., Wen, Y., Jin, X., Yang, J., Si, H., & Wang, D. (2015). Cambios transcriptómicos durante el proceso de liberación de la latencia del tubérculo revelados por secuenciación de ARN en la papa. Journal of Biotechnology, 198, 17-30. https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2015.01.019
dc.relation.referencesMa, Q., Du, W., Brandizzi, F., Giovannoni, J. J., & Barry, C. S. (2012). Differential control of ethylene responses by GREEN-RIPE and GREEN-RIPE LIKE1 provides evidence for distinct ethylene signaling modules in tomato. Plant Physiology, 160(4), 1968–1984. https://doi.org/10.1104/pp.112.205476
dc.relation.referencesMadrigal, K. (2017). Uso de herramientas para alineación de secuencias y creación de árboles filogenéticos para la determinación de especies. Tecnología en Marcha, 30(5), 30-34. https://doi.org/10.18845/tm.v30i5.3218
dc.relation.referencesMähler, N., Wang, J., Terebieniec, B. K., Ingvarsson, P. K., Street, N. R., & Hvidsten, T. R. (2017). Gene co-expression network connectivity is an important determinant of selective constraint. PloS Genetics, 13(4). https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006402
dc.relation.referencesMartínez Corcino, D. S. (2012). Ubicación de secuencias genómicas de Solanum phureja en un mapa genético utilizando marcadores microsatélites. Obtenido de https://hdl.handle.net/20.500.12672/2670
dc.relation.referencesMassa, A. N., Childs, K. L., Lin, H., Bryan, G. J., Giuliano, G., & Buell, C. R. (2011). The transcriptome of the reference potato ivisi solanum tuberosum group phureja clone DM1-3 516r44. PloS ONE, 6 (10), e26801. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0026801
dc.relation.referencesMegías, M., Molist, P., & Pombal, M. A. (2020). Tejidos vegetales: Meristemos. Departamento de Biología Funcional y Ciencias de la Salud, Facultad de Biología, Universidad de Vigo. Obtenido de https://mmegias.webs.uvigo.es/descargas/v-meristemos.pdf
dc.relation.referencesMendieta, J. S. (2023). Análisis de transcriptoma y anotación funcional de genes relacionados con dormancia en papa criolla Solanum tuberosum vf.phureja irradiada con cobalto 60. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/38331
dc.relation.referencesMercer, T. R., Dinger, M. E., & Mattick, J. S. (2009). Long non-coding RNAs: Insights into their functions. Nature Reviews Genetics, 10(3), 155–159. https://doi.org/10.1038/nrg2521
dc.relation.referencesMeza, N. M., Daboín-León, B. M., & Rivas, M. (2024). La dormancia en clones promisorios y variedades de papa, bajo condiciones del estado Trujillo. Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.12787842
dc.relation.referencesMinisterio de Agricultura y Desarrollo Rural. (2019). PLAN ESTRATÉGICO PARA EL ORDENAMIENTO DE LA PRODUCCIÓN – CADENA DE LA PAPA Y SU INDUSTRIA. Bogotá, D.C.: MADR. Obtenido de https://www.minagricultura.gov.co/
dc.relation.referencesMonreal Pinal, L. A. (2001). Importancia de la papa (Solanum tuberosum L.) en la región de Navidad, Nuevo León (Monografía para optar al título de Ingeniero Agrónomo en Producción). Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro, División de Agronomía, Saltillo, Coahuila, México. Obtenido de http://repositorio.uaaan.mx:8080
dc.relation.referencesMortazavi Lab. (2023). PyWGCNA documentation. GitHub Pages. Obtenido de https://mortazavilab.github.io/PyWGCNA/html/index.html
dc.relation.referencesMortazavi, A., Williams, B. A., McCue, K., Schaeffer, L., & Wold, B. (2008). Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nature methods, 5(7), 621–628. https://doi.org/10.1038/nmeth.1226
dc.relation.referencesMudge, J. M., & Harrow, J. (2016). The state of play in higher eukaryote gene annotation. Nature reviews. Genetics, 17(12), 758–772. https://doi.org/10.1038/nrg.2016.119
dc.relation.referencesMurata Separovich, E. J. (2017). Caracterización de la expresión genética en respuesta a temperaturas de congelamiento en papas nativas tolerantes y susceptibles. (Tesis de pregrado). Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Perú. Obtenido de https://hdl.handle.net/20.500.12866/879
dc.relation.referencesMuthoni, J., Kabira, J., Shimelis, H., & Melis, R. (2014). Regulation of potato tuber dormancy: A review. Australian Journal of Crop Science, 8, 754-759. Obtenid de https://www.researchgate.net/publication/262412947
dc.relation.referencesNHGRI. (2019). Transcriptoma. Genome.gov. Obtenido de https://www.genome.gov/es/about-genomics/fact-sheets/Transcriptoma
dc.relation.referencesÑústez López, C & Rodríguez Molano, L. (2024). Papa criolla (Solanum tuberosum L. Grupo Phureja): manual de recomendaciones técnicas para su cultivo en el departamento de Cundinamarca. Universidad Nacional de Colombia. Obtenido de https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/86779
dc.relation.referencesOjeda Pérez, Z. Z., Arias Moreno, D. M., Bohórquez Quintero, M. de los Á., Pacheco Díaz, J. E., & Araque Barrera, E. J. (2021). Colores y sabores de mi tierra: Papas nativas cultivadas en Boyacá. Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia. https://doi.org/10.19053/9789586605175
dc.relation.referencesOu, L., Liu, Z., Zhang, Z., Wei, G., Zhang, Y., Kang, L., Yang, B., Yang, S., Lv, J., Liu, Y., Chen, W., Dai, X., Li, X., Zhou, S., Ma, Y., & Zou, X. (2017). Noncoding and coding transcriptome analysis reveals the regulation roles of long noncoding RNAs in fruit development of hot pepper (Capsicum annuum L.). Plant Growth Regulation, 83(1), 141–156. https://doi.org/10.1007/s10725-017-0290-3
dc.relation.referencesPortillo Bobadilla, T., Pérez Hernández, B., Pérez Hernández, V., & Hernández Guzmán, M. (2022). Una introducción a la bioinformática: avances en la biología y ciencias de la salud. En Memoria del XLIX Taller de Actualización Bioquímica. Facultad de Medicina, UNAM. Obtenido de http://biosensor.facmed.unam.mx
dc.relation.referencesPotato Genome Sequencing Consortium. (2011). Genome sequence and analysis of the tuber crop potato [Dataset]. Nature, 475, 189–195. https://doi.org/10.15468/ao14pp
dc.relation.referencesPutri, G. H., Anders, S., Pyl, P. T., Pimanda, J. E., & Zanini, F. (2022). Analysing high‑throughput sequencing data in Python with HTSeq 2.0. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac166
dc.relation.referencesQuintero López, O. A. (2022). Desarrollo de flujo de trabajo (pipeline) para análisis de mutantes sólidos de Solanum tuberosum Gr. Phureja. Repositorio Institucional Universidad Distrital – Riud. Obtenido de https://repository.udistrital.edu.co
dc.relation.referencesRangel Rojas, D. V. (2023). Dormancia: estrategia determinante de la fisiología vegetal en la especie Solanum tuberosum, una visión desde la perspectiva génica [Tesis de licenciatura, Universidad Distrital Francisco José de Caldas]. Repositorio Institucional de la Universidad Distrital. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/38578
dc.relation.referencesReimand, J., Kull, M., Peterson, H., Hansen, J., & Vilo, J. (2007). g: Profiler—A web‑based toolset for functional profiling of gene lists from large‑scale experiments. Nucleic Acids Research, 35(Web Server issue), W193–W200. https://doi.org/10.1093/nar/gkm226
dc.relation.referencesRezaie, N., Ad, M., & Mortazavi, A. (2022). Bulk and single‐cell gene expression network analysis in mouse models of AD using PyWGCNA. Alzheimer S & Dementia, 18(S3). https://doi.org/10.1002/alz.066349
dc.relation.referencesRezaie, N., Reese, F., & Mortazavi, A. (2023). PyWGCNA: a Python package for weighted gene co-expression network analysis. Bioinformatics, 39(7). https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad415
dc.relation.referencesRocha, M., Massarani, L., De Souza, S. J., & De Vasconcelos, A. T. R. (2022). The past, present and future of genomics and bioinformatics: A survey of Brazilian scientists. Genetics and Molecular Biology, 45(2). https://doi.org/10.1590/1678-4685-gmb-2021-0354
dc.relation.referencesRodríguez, L. E., & Moreno, L. P. (2010). Factores y mecanismos relacionados con la dormancia en tubérculos de papa. Una revisión. Agronomía Colombiana, 28(2), 189–197. ISSN 0120‑9965. Obtenido de https://www.researchgate.net/publication/262720864
dc.relation.referencesRodríguez-Alonso, G., & Shishkova, S. (2018). Estudio del transcriptoma mediante RNA-seq con énfasis en las especies vegetales no modelo. Revista de Educación Bioquímica (REB), 37(3), 75-88. Obtenido de https://www.medigraphic
dc.relation.referencesSánchez Álvarez, E. L., & Baracaldo Pinto, (2019) D. M. Análisis De La Expresión Del Gen Cdpk7 Y Evaluación Del Gen Ein2 En Papa Criolla Solanum Tuberosum Vf. Phureja, (Variedad Criolla Colombiana) Irradiada Con Cobalto 60. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/23235
dc.relation.referencesSanz Rodríguez, A. (2016). Caracterización de miRNAs asociados a la repuesta a estrés salino en planta de melón. https://riunet.upv.es/handle/10251/61812
dc.relation.referencesSaxena, H., Negi, H., & Sharma, B. (2023). Role of F‑box E3‑ubiquitin ligases in plant development and stress responses. Plant Cell Reports, 42(7), 1133–1146. https://doi.org/10.1007/s00299-023-03023-8
dc.relation.referencesSeminario Cunya, J. F., Seminario Cunya, A., Domínguez Palacios, A., & Escalante Zumaeta, B. (2017). Rendimiento de cosecha de diecisiete cultivares de papa (Solanum tuberosum L.) del grupo Phureja. Scientia Agropecuaria, 8(3), 181–191. https://doi.org/10.17268/sci.agropecu.2017.03.01
dc.relation.referencesShi, H., Hou, J., Li, D., Hu, H., Wang, Y., Wu, Y., & Yi, L. (2024). Comparative transcriptome and coexpression network analysis reveals key pathways and hub candidate genes associated with sunflower (Helianthus annuus L.) drought tolerance. BMC Plant Biology, 24, 224. https://doi.org/10.1186/s12870-024-04932-w
dc.relation.referencesSong, D., Yang, Y., Yu, B., Zheng, B., Deng, Z., Lu, B.-L., Chen, X. & Jiang, T. (2009). Computational prediction of novel non‑coding RNAs in Arabidopsis thaliana. BMC Bioinformatics, 10(Suppl. 1), Article S36. https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-S1-S36
dc.relation.referencesSoto Cardinault, C. G. (2023). Análisis de redes de coexpresión RNA-Seq para identificar patrones genéticos consenso en Arabidopsis en respuesta a la infección por hongos ascomycetes [Tesis doctoral, Centro de Investigación Científica de Yucatán, A.C.]. Repositorio Institucional CICY. Obtenido de https://cicy.repositorioinstitucional.mx
dc.relation.referencesSpooner, D. M., McLean, K., Ramsay, G., Waugh, R., & Bryan, G. J. (2005). A single domestication for potato based on multilocus amplified fragment length polymorphism genotyping. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102(41), 14694-14699. https://doi.org/10.1073/pnas.0507400102
dc.relation.referencesStark, R., Grzelak, M., & Hadfield, J. (2019). RNA sequencing: the teenage years. Nature reviews. Genetics, 20(11), 631–656. https://doi.org/10.1038/s41576-019-0150-2
dc.relation.referencesTiwari, J. K., Buckseth, T., Singh, R. K., Zinta, R., Saraswati, A., Kumar, M., & Chakrabarti, S. K. (2021). Methylome and transcriptome analysis reveals candidate genes for tuber shape variation in tissue culture-derived potato. Plant Growth Regulation, 93(3), 319-332. https://doi.org/10.1007/s10725-020-00690-5
dc.relation.referencesToro, M. D. (2016). Evaluación del efecto de 3 inhibidores de brotación en papa criolla (Solanum Phureja) variedad criolla Colombia aplicados en el proceso de poscosecha. Recovered from: https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/56747
dc.relation.referencesTorres, J. M. (2023). Análisis comparativo de estudios del transcriptoma en Solanum Tuberosum grupo Phureja. Obtenido de http://hdl.handle.net/11349/33805
dc.relation.referencesTrapnell, C., Pachter, L., & Salzberg, S. L. (2009). TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq. Bioinformatics, 25(9), 1105–1111. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120
dc.relation.referencesTrapnell, C., Roberts, A., Goff, L., Pertea, G., Kim, D., Kelley, D. R., Pimentel, H., Salzberg, S. L., Rinn, J. L., & Pachter, L. (2012). Differential gene and transcript división analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks. Nature Protocols, 7(3), 562–578. https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016
dc.relation.referencesTrapnell, C., Williams, B. A., Pertea, G., Mortazavi, A., Kwan, G., van Baren, M. J., Salzberg, S. L., Wold, B. J., & Pachter, L. (2010). Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation. Nature Biotechnology, 28(5), 511–515. https://doi.org/10.1038/nbt.1621
dc.relation.referencesVásquez-Castillo, W., Sevilla Rivadeneira, A., Rivadeneira Ruales, J., & Cuesta-Subía, X. (2022). Resistencia genética como estrategia para el control de Phytophthora infestansen papa (Solanum tuberosum). Ciencia y Tecnología Agropecuaria, 23(2), e2292. DOI https://doi.org/10.21930/rcta.vol23_num2_art:2292
dc.relation.referencesVenkatesh, J., & Park, S. W. (2015). Genome-wide analysis and expression profiling of DNA-binding with one zinc finger (Dof) transcription factor family in potato. Plant Physiology and Biochemistry, 94, 73–85. https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2015.05.010
dc.relation.referencesVlasova-St. Louis, I. (Ed.). (2021). Applications of RNA-Seq in biology and medicine. IntechOpen. Obtenido de https://books.google.com.co/books?hl=es
dc.relation.referencesWang, L., Gao, J., Wang, C., Xu, Y., Li, X., Yang, J., Chen, K., Kang, Y., Wang, Y., Cao, P., & Xie, X. (2022). Comprehensive Analysis of Long Non-coding RNA Modulates Axillary Bud Development in Tobacco (Nicotiana tabacum L.). Frontiers in Plant Science, 13. https://doi.org/10.3389/fpls.2022.809435
dc.relation.referencesWang, X., Bai, Y., Zhang, L., Jiang, G., Zhang, P., Liu, J., Li, L., Huang, L., & Qin, P. (2024). Identification and core gene-mining of Weighted Gene Co-expression Network Analysis-based co-expression modules related to flood resistance in quinua seedlings.. BMC Genomics, 25, 728. https://doi.org/10.1186/s12864-024-10638-y
dc.relation.referencesWang, Y., Gao, L., Li, J., Zhu, B., Zhu, H., Luo, Y., Wang, Q., & Zuo, J. (2018). Analysis of long-non-coding RNAs associated with ethylene in tomato. Gene, 674, 151–160. https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.06.089
dc.relation.referencesWillis, C. G., Baskin, C. C., Baskin, J. M., Auld, J. R., Venable, D. L., Cavender-Bares, J., Donohue, K., Rubio de Casas, R., & NESCent Germination Working Group. (2014). The evolution of seed dormancy: Environmental cues, evolutionary hubs, and diversification of the seed plants. The New Phytologist, 203(1), 300–309. https://doi.org/10.1111/nph.12782
dc.relation.referencesWolf, F. A., Angerer, P., & Theis, F. J. (2018). SCANPY: large‑scale single‑cell gene expression data analysis. Genome Biology, 19, 15. https://doi.org/10.1186/s13059-017-1382-0
dc.relation.referencesXin, E., Vreugdenhil, D., & Lammeren, A. M. (1998). Cell ivisión and cell enlargement during potato tuber formation. Journal of Experimental Botany, 49(320), 573–582. https://doi.org/10.1093/jxb/49.320.573
dc.relation.referencesYu, B., Liu, J., Wu, D., Liu, Y., Cen, W., Wang, S., Li, R. B. & Luo, J. (2020). Análisis de redes de coexpresión génica ponderada (WGCNA) para identificar módulos clave y genes hub asociados con la sensibilidad a la sequía en arroz (Oryza sativa). BMC Plant Biology, 20, 478. https://doi.org/10.1186/s12870-020-02705-9
dc.relation.referencesZaheer, K., & Akhtar, M. H. (2016). Producción, uso y nutrición de la papa: una revisión. Critical Reviews in Food Science and Nutrition, 56(5), 711–721. https://doi.org/10.1080/10408398.2013.817792
dc.relation.referencesZhang, B., & Horvath, S. (2005). A General Framework for Weighted Gene Co-Expression Network analysis. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 4(1). https://doi.org/10.2202/1544-6115.1128
dc.relation.referencesZhang, Y., Li, Y., Hassan, M. J., Li, Z., Peng, Y., & Hou, X. (2018). Identification of multiple genes encoding SnRK1 subunits in potato and their expression analyses in tuber development. PloS One, 13(7), e0199477. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200321
dc.relation.referencesZhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, Ngo K & Liu X (2014) Comparison of RNA-seq and microarray in transcriptome profiling ofactivated T cells. PloS One 9: e78644. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0078644
dc.relation.referencesZhou, X., Xiang, X., Zhang, M., Cao, D., Du, C., Zhang, L., & Hu, J. (2023). Combining GS-assisted GWAS and transcriptome analysis to mine candidate genes for nitrogen utilization efficiency in Populus cathayana. BMC Plant Biology, 23, 182. https://doi.org/10.1186/s12870-023-04202-1
dc.rights.accesoAbierto (Texto Completo)
dc.rights.accessrightsOpenAccess
dc.subjectMutagenesis
dc.subjectBioinformática
dc.subjectTranscriptoma
dc.subjectDormancia
dc.subjectARN largo no codificante
dc.subjectCoexpresión
dc.subjectRedes de correlación ponderadas
dc.subject.keywordMutagenesis
dc.subject.keywordBioinformatics
dc.subject.keywordTranscriptome
dc.subject.keywordDormancy
dc.subject.keywordLong non-coding RNA
dc.subject.keywordCo-expression;
dc.subject.keywordWeighted correlation networks
dc.subject.lembLicenciatura en Química -- Tesis y disertaciones académicas
dc.subject.lembPapas (Tubérculos)
dc.subject.lembARN
dc.subject.lembMutagénesis
dc.subject.lembBiotecnología vegetal
dc.titleEstudio y análisis funcional: Identificación de ARNc Y ARNlnc en tejidos meristemáticos dentro del transcriptoma de clones de Solanum tuberosum del grupo Phureja colombiana
dc.title.titleenglishStudy and Functional Analysis: Identification of ncRNA and lncRNA in Meristematic Tissues within the Transcriptome of Solanum tuberosum Phureja Group Clones from Colombia
dc.typebachelorThesis
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.degreeInvestigación-Innovación
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis

Archivos

Bloque original

Mostrando 1 - 3 de 3
No hay miniatura disponible
Nombre:
MedinaAmayaAndresFelipe2025.pdf
Tamaño:
7.74 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Descripción:
Trabajo de grado
Descargar
No hay miniatura disponible
Nombre:
MedinaAmayaAndresFelipe2025Anexos.zip
Tamaño:
3.53 MB
Formato:
Descargar
No hay miniatura disponible
Nombre:
Licencia de uso y publicacion.pdf
Tamaño:
236.79 KB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Descargar

Bloque de licencias

Mostrando 1 - 1 de 1
No hay miniatura disponible
Nombre:
license.txt
Tamaño:
7 KB
Formato:
Item-specific license agreed upon to submission
Descripción:
Descargar

Colecciones

Licenciatura en Química
Universidad Distrital Francisco José de Caldas - Biblioteca UDFJC

Institución de Educación Superior sujeta a inspección y vigilancia por el Ministerio de Educación Nacional | Acuerdo de creación N° 10 de 1948 del Concejo de Bogotá | Acreditación Institucional de Alta Calidad - Resolución N° 23096 del 15 de diciembre del 2016.

Contáctenos
  • Calle 13 No. 31 - 75 Bogotá D.C. - República de Colombia
  • (+57 601) 3239300
  • Lunes a viernes de 8 a.m. a 5 p.m.
  • repositorio@udistrital.edu.co
Síguenos en redes sociales

Software DSpace copyright © 2002-2026 LYRASIS