Análisis de transcriptoma y anotación funcional de genes relacionados con dormancia en papa criolla Solanum tuberosum vf.phureja irradiada con cobalto 60
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2023-11
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Descripción
La papa criolla presenta generalmente un periodo de dormancia, entre sus ventajas encontramos que es un proceso de vital importancia para la supervivencia en un periodo desfavorable y sin las condiciones óptimas, pero en periodo de postcosecha, se convierte en un factor negativo que afecta la viabilidad del producto a nivel comercial. En la papa, la dormancia da lugar a otros procesos como la tuberización, que se define como un período donde no se realiza ningún proceso de crecimiento visible de brotes, e implica una relación biológica correlacionada en el tubérculo. En este estudio se centró en analizar y caracterizar el transcriptoma de la papa criolla, y relacionarlo con los genes que afectan los procesos de dormancia en papa criolla solanum tuberosum vf. Phureja y que han sido objeto de estudio en el semillero de Biología molecular, se implementó un protocolo bioinformático, que consistió en un ensamble guiado por referencia del transcriptoma con el repertorio de Cufflinks, el análisis de expresión diferencial, el mapeo con el genoma reportado en Spud y por último, se realizó la anotacion y evaluación de calidad del ensamblaje con Busco, para revisar las bases de datos como TAIR y Swissprot (anotacion basada en homología). Todo el análisis bioinformático de las librerías de RNA-seq se desarrolló en el servidor de la Oficina de Informática de Investigación, generando un protocolo descriptivo para en lenguaje bash y ejecutable en un entorno Slurm, y todo el tratamiento que conlleva trabajar con estos datos
Resumen
The creole potato generally presents a dormancy period, among its advantages we find that it is a process of vital importance for survival in an unfavorable period and without optimal conditions, but in the post-harvest period, it becomes a negative factor that affects the viability of the product at the commercial level. In potato, dormancy gives rise to other processes such as tuberization, which is defined as a period where no visible sprout growth process takes place, and implies a correlated biological relationship in the tuber. This study focused on analyzing and characterizing the transcriptome of the creole potato, and relating it to the genes that affect dormancy processes in creole potato solanum tuberosum vf. Phureja and that have been the subject of study in the Molecular Biology seedbed, a bioinformatics protocol was implemented, which consisted of a referenceguided assembly of the transcriptome with the Cufflinks repertoire, differential expression analysis, mapping with the genome reported in Spud and finally, annotation and quality assessment of the assembly was performed with Busco, to review databases such as TAIR and Swissprot (homology-based annotation). All the bioinformatic analysis of the RNA-seq libraries was developed in the server of the Office of Research Computing, generating a descriptive protocol for in bash language and executable in a Slurm environment, and all the processing involved in working with these data.
Palabras clave
Dormancia, Anotación funcional, Bioinformática, Transcriptoma, Papa criolla, Solanum tuberosum vf. phureja