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Title: Análisis estructural de algunas proteínas de unión a calcio en Giardia lamblia y evaluación de su patrón de expresión (mRNA)
Author: Velandia Grazón, Diana Marcela
Triana Rojas, Heidy Yohana
metadata.dc.contributor.advisor: Rubiano Castellanos, Claudia Consuelo
Ayala Fajardo, Adis
Moreno Rueda, Luz Yurany
metadata.dc.subject.lemb: LICENCIATURA EN QUÍMICA - TESIS Y DISERTACIONES ACADÉMICAS
BIOINFORMÁTICA
PROTEÍNAS DE ENLACE DEL CALCIO
GIARDIA LAMBLIA
Keywords: Giardia lamblia
Modelamiento tridimensional de proteínas
Proteínas de unión a calcio
Enquistación
Bioinformática
RT-PCR
Date: 3-Nov-2015
Abstract: In this paper the structure of eight possible calcium binding proteins in Giardia lamblia was analyzed and the pattern of expression at the transcriptional level of the genes encoding these proteins was evaluated. Bioinformatics tools were used for the structural analysis. It was possible to identify potential homologous proteins, detect calcium-binding domains in the sequences and predict alpha helices and coil regions, which are characteristic of the EF-hand calcium binding domain. Additionally, the three-dimensional structure of the target proteins was modeled and for five of them (Hipot 16, Hipot 64, PCD, DYN y PP2A 453) it was possible to obtain reliable models where calcium binding sites were located. The models for the remaining three proteins (PP2A 638, PP2A 892 y PP2A 764) were not accurate enough so it was not possible to locate calcium binding sites on the structures, although these were predicted in the sequences. On the other hand, the expression pattern of mRNA of the genes encoding the target proteins was evaluated during encystation of the parasite by using RT-PCR. To accomplish that, RNA extracted from synchronized Giardia lamblia parasites at different encystation times (0, 6, 12 and 24 hours) was used and the results of the amplification after the RT-PCR were quantified by densitometry. It was found that all the genes are transcribed during the encystation process following differential patterns. Moreover, some of the expression patterns could be associated with specific events taking place during the encystation process. Taking together, these results allowed a preliminary approach to the possible role of these proteins in the parasite.
Description: En el presente trabajo se analizó la estructura de ocho posibles proteínas de unión a calcio en Giardia lamblia y se evaluó el patrón de expresión a nivel transcripcional de los genes que codifican estas proteínas. Para el análisis estructural se utilizaron herramientas bioinformáticas. Con ellas fue posible identificar potenciales proteínas homólogas, detectar dominios de unión a calcio en sus secuencias y predecir hélices alfa y regiones coil, que son características del dominio de unión a calcio EF-hand. Adicionalmente, se modeló la estructura tridimensional de las proteínas de interés y para cinco de ellas (Hipot 16, Hipot 64, PCD, DYN y PP2A 453) se obtuvieron modelos confiables donde se localizaron los sitios de unión a calcio. Para las demás proteínas (PP2A 638, PP2A 892 y PP2A 764) no se obtuvieron modelos confiables por lo que los sitios de unión a calcio no pudieron ser visualizados, aunque estos fueron predichos en sus secuencias. Por otra parte, la evaluación del patrón de expresión del mRNA de los genes que codifican las proteínas estudiadas durante la enquistación del parásito, se realizó mediante la técnica de RT-PCR. Para ello, se utilizó RNA extraído de parásitos Giardia lamblia, sincronizados en diferentes tiempos de enquistación (0, 6, 12 y 24 horas) y los resultados de amplificación se cuantificaron por densitometría. Se encontró que todos los genes se transcriben siguiendo diferentes patrones de expresión, que podrían estar asociados con eventos específicos que ocurren durante el proceso de enquistación. Finalmente, los resultados permitieron una aproximación preliminar a la posible función de estas proteínas en el parásito.
URI: http://hdl.handle.net/11349/13226
Appears in Collections:Licenciatura en Química

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